大歷初年（766），百丈禪師聽(tīng)說(shuō)馬祖道一禪師在南康（今屬江西）豎立法幢，師遂前往投其座下，后得到馬祖道一的印可。百丈禪師與西堂智藏、南泉普愿同入祖室，各有擅長(zhǎng)，時(shí)稱馬祖門下“三大士”。后出主新吳（今屬江西奉新）百丈山，自立禪院，制訂清規(guī)，率眾修持，實(shí)行僧團(tuán)之農(nóng)禪生活。倡導(dǎo)“一日不作，一日不食”農(nóng)禪理念。
唐朝中葉即唐德宗建中元年（780年）后，封建政權(quán)采取“取消對(duì)寺院和僧尼個(gè)人田產(chǎn)免稅規(guī)定”等諸多不利措施，僧侶被迫面臨如何生存的嚴(yán)峻形勢(shì)。懷海參照大小乘戒律，制定新的修行生活儀軌《禪門規(guī)式》（即《百丈清規(guī)》）以保證禪宗的繁盛和發(fā)展。
元和九年（814），百丈禪師入寂，世壽九十五。敕謚“大智禪師”，塔號(hào)“大寶勝輪”。座下以黃檗希運(yùn)、溈山靈佑居首。師所訂清規(guī)，世稱“百丈清規(guī)”，為禪宗史上劃時(shí)代之功績(jī)，對(duì)中國(guó)禪宗史乃至佛教史影響極為深遠(yuǎn)。
百丈禪師還著有《叢林要?jiǎng)t二十條》，在這二十條規(guī)則中，百丈禪師全面論述了叢林建設(shè)、學(xué)習(xí)修行、待人接物、看待世事等各方面的內(nèi)容：
叢林以無(wú)事為興盛，修行以念佛為穩(wěn)當(dāng)。
精進(jìn)以持戒為第一，疾病以減食為湯藥。
煩惱以忍辱為菩提，是非以不辯為解脫。
留眾以老成為真情，執(zhí)事以盡心為有功。
語(yǔ)言以減少為直截，長(zhǎng)幼以慈和為進(jìn)德。
學(xué)問(wèn)以勤習(xí)為入門，因果以明白為無(wú)過(guò)。
老死以無(wú)常為警策，佛事以精嚴(yán)為切實(shí)。
待客以至誠(chéng)為供養(yǎng)，山門以耆舊為莊嚴(yán)。
凡事以預(yù)立為不勞，處眾以謙恭為有禮。
遇險(xiǎn)以不亂為定力，濟(jì)物以慈悲為根本。